Инновационные процессы в регионах протекают крайне неравномерно, что обусловлено, прежде всего, влиянием факторов макросреды (политические, экономические, технологические, социальные). И если на микроуровне гибкость и реактивность социально-экономической системы (организации) позволяет нивелировать их негативное влияние через систему стратегического управления, то на мезоуровне подобная реактивность отсутствует в виду ее многоэлементной иерархичной структуры, многоукладности, сложным и зачастую непрочным взаимодействием. В рамках настоящей статьи представлено авторское видение состава, структуры и взаимосвязей ключевых элементов организационно-экономического механизма управления региональной инновационной системой