Приложения, которыми будут пользоваться большое количество пользователей, или крупные компании, имеют серьезные требования к безопасности. Пользователи должны быть уверены, что данные,
проходящие через приложения, не были изменены, не были украдены, пришли от конкретного человека или дошли до конкретного человека или организации. Ситуация становится более сложной, когда для передачи данных требуется выход за пределы локальной сети. Основой для безопасной работы с данными является криптография. Использование криптостойких алгоритмов шифрования, хэширования и электронной подписи обеспечивает безопасность при использовании электронного документооборота.
Java позволяет использовать криптографию для написания приложений поддерживающих безопасность электронного документооборота (ЭДО).