Предметом статьи является исследование экономических механизмов и особенностей их применения при управлении деятельностью медицинских учреждений и системы здравоохранения в целом. Целью работы является разработка мероприятий, способствующих повышению эффективности применения организационно-экономических механизмов в деятельности учреждений системы здравоохранения Российской Федерации в условиях реформирования. В ходе проведенного исследования были отражены следующие ключевые проблемы в отрасли и предложены способы их решения: низкая заработная плата медицинских работников, уравнительные подходы к оплате труда медицинского персонала, низкие социальная защищенность и престиж медицинской профессии, что привело к недостатку квалифицированных медицинских кадров; отсутствие конкретизации государственных гарантий оказания медицинской помощи, что привело к тому, что медицинские учреждения берут плату с граждан за те услуги, которые в соответствии с Программой государственных гарантий должны быть бесплатными; дефицит финансирования и инвестиций. Государственно-частное партнерство может стать действенным инструментом развития здравоохранения. Такого рода сотрудничество будет способствовать поступлению в отрасль инвестиций, что, в свою очередь, позволит модернизировать медицинскую систему и развить инновационную деятельность в медицине. Приход в отрасль инвесторов поможет внедрить в систему эффективный менеджмент и повысить качество оказания медицинских услуг.