Представлены результаты сравнительного анализа размерно-возрастного и полового состава ельца Leuciscus baicalensis из рек бассейна средней Оби (Басандайка − приток II порядка, Томь − приток I порядка, Обь – магистральный водоток) в 2016−2019 гг. Выявлены различия по показателям роста ельца в зависимости от типа водотока: чем крупнее река, тем выше темп роста особей. Половая структура во всех водотоках сходна, соотношение самок и самцов 1 : 2. Наиболее высокими показателями экстенсивности и интенсивности инвазии личинками Opisthorchis felineus (паразита гепато-билиарной системы человека и плотоядных животных) отличается елец из р. Томь – соответственно 88% и 13.1 экз/особь против 52% и 4.8 экз/особь у рыб из Оби. Заражённость не зависит от пола ельца. Показатели заражённости повышаются с возрастом рыб: экстенсивность инвазии рыб в 5-летнем возрасте достигает 100%. В настоящее время сохраняется напряжённая эпизоотологическая ситуация в связи с высокими показателями заражённости рыб.