Работа посвящена разработке методов автоматического выделения и анализа областей интереса врачей-исследователей, занимающихся изучением влияния трансплантированных мезенхимальных стволовых клеток на очаги ишемического инсульта у лабораторных животных. Области интереса представлены зонами ишемического поражения на T2-снимках МРТ и скоплениями стволовых клеток на SWI-снимках МРТ. Для сегментации зон ишемии рассматриваются возможности выделения спектральных и визуальных информативных характеристик с применением преобразования Фурье. Формализация задачи трекинга скоплений стволовых клеток сведена к транспортной задаче. Наиболее вероятное движение скоплений визуализируется с помощью средств когнитивной графики, что помогает врачам-исследователям строить стратегии возможного лечения с применением клеточной терапии.