В статье сформулированы предложения по методике, применяемой в контроллинге персонала инновационных компаний, по оценке компетенции сотрудников экономических служб, включающих деловые, профессиональные, управленческие, личностные способности, что позволяет составить цифровую модель компетенции, присваивая ранг каждой выполняемой функции, вывести способности экономиста на основе выполняемых функций. Делается вывод о том, что методика контроллига персонала, которую целесообразно применять в инновационных компаниях, по оценке компетенции сотрудников, подразумевает выполнения ряда шагов, позволяющих дать оценку компетенций начиная с тестирования высших руководящих сотрудников, в дальнейшем распространяя его на основных сотрудников структурных подразделений, определить удовлетворенность должностью, интенсивность выполнения функции. Компаниям следует применять контроллинг персонала в планировании, контроле, управлении, информационном обеспечении всех кадровых, экономических мероприятий.