Для протяженной сети трубопроводов реальны негативные события в виде аварий техногенного и иного характера. При указанных событиях достаточно часто назначаются судебные комплексные, комиссионные эколого-экономические экспертизы для целей оценки величины ущерба и (или) затрат по ликвидации последствий для природы. Среди видов регламентированных экспертиз в России такие экспертизы не поименованы. Поэтому целью данной работы стало формирование определения подобного вида деятельности и особенностей его проведения с учетом законодательных и научных требований. Итогом изучения научных данных и практики стало определение эколого-экономической экспертизы, учитывающее важность комплексного экспертного подхода в рамках экономического спора, имеющего самостоятельное доказательственное значение в рамках конкретного дела. Авторами показан сценарий этапов определения ущерба и оценки ликвидации последствий аварийного прорыва нефтепровода для недропользователя. Также в статье продемонстрирован вариант практического применения данных этапов. Сделан вывод о возможности применения представленной методики экспертизы для иных предприятий нефтегазовой и химической отрасли.