Выбор метода обеззараживания природных вод связан с необходимостью оценки влияния множества факторов (например, пролонгированное антимикробное действие; безопасность для человека и животных; экономическая выгода), а также проведения предварительных технико-экономических расчетов с учетом производительности станции, качества природной воды, технологии водоподготовки, размещения сооружений водоподготовки, автоматизации процессов.
