Строгая регламентация качества лекарственных средств, а также установление для них сроков годности являются факторами риска товарных и финансовых потерь аптечных организаций, связанных с изъятием из обращения и уничтожением не подлежащих дальнейшей реализации лекарственных средств. Являясь налогоплательщиками действующих в РФ налогов, аптечные организации должны учитывать эти операции при определении своих налоговых обязательств. Понимание налоговых аспектов изъятия из обращения и уничтожения лекарственных средств позволяет на этапе организации этих процедур минимизировать налоговые риски, а следовательно, и связанные с их реализацией финансовые потери аптек в виде доначислений налогов, штрафов и пени. Целью исследования было выявление возможных налоговых рисков, возникающих при изъятии лекарственных средств из обращения, и определение возможных путей их снижения. Для достижения указанной цели проведен анализ требований законодательства, разъяснений уполномоченных органов и актуальной судебной практики по рассматриваемой проблеме. Анализ показал, что операции по изъятию из обращения и уничтожению лекарственных средств являются для аптечных организаций источником налоговых рисков по налогу на прибыль и НДС. Выявлено, что налоговые риски по налогу на прибыль связаны, в первую очередь, с некорректным документированием изъятия лекарственных средств из обращения. Также они возможны в связи с отказом от установления виновных в порче лиц или их отсутствия, непредъявлением претензий виновным лицам и отсутствием возмещения ими потерь, списанием до даты истечения срока годности. Налоговые риски по НДС возникают в случае отсутствия у аптечной организации доказательств выбытия лекарственных средств по причинам, не зависящим от воли владельца, и без передачи иным лицам. Способствовать снижению налоговых рисков будет включение во внутренний регламент по изъятию лекарственных средств из обращения и их уничтожению положений, учитывающих нормы налогового законодательства и арбитражную практику, а также контроль их соблюдения.