Оценка функционального разнообразия – актуальный в экологии микроорганизмов и достаточно чувствительный способ обнаружения биологически важных закономерностей в жизнедеятельности микробных сообществ. Изучение функционального разнообразия с помощью метода мультисубстратного тестирования и оценка его взаимосвязей с количественными микробиологическими характеристиками в контексте сезонных изменений были выполнены для гетеротрофных микробных сообществ поверхностного и придонного слоя водной толщи трёх озёр среднеобской поймы, а также воды потока самой реки Оби в период летней межени, зимней межени (ледостав) и весеннего половодья (паводок). Сезонные изменения функциональных и количественных микробиологических показателей в пойменных водоёмах характеризовали сезонную сукцессию микробного сообщества. Полученные результаты говорят о космополитичности и функциональной взаимозамещаемости представителей природных микробных сообществ. Данное исследование обеспечивает возможность количественно оценить биогенную составляющую баланса углерода, её динамику и взаимосвязь с экологическими факторами.