Рассматриваются подходы к решению проблемы преодоления нарастающей территориальной дифференциации, которая становится важнейшим фактором, тормозящим инновационное развитие страны. Исследуются особенности нового подхода к разработке стратегии развития инновационной деятельности в регионах, основанного на понимании стратегии как средства коэволюции территориальных и экономических систем, их комплексного, скоординированного развития. Сделан вывод о том, что стратегическое планирование может сыграть роль консолидирующего и стабилизирующего фактора, средства организации и поддержки инновационной деятельности в регионах.