В данной работе представлен метод оценивания и фильтрации временных рядов критических частот с использованием единого критерия качества. Метод предполагает обработку пачки ионограмм за продолжительный период времени и представление ряда критических частот в виде вейвлет-ряда с небольшим числом ненулевых коэффициентов. Фильтрация ряда foF2 выполняется при помощи нелинейного фильтра с использованием генетических алгоритмов и L1-регуляризации. Метод тестируется на ионограммах, полученных на ионозонде "Циклон-GPS" Казанского федерального университета в 2012 году.