Выполнено исследование вариаций уровня короткопериодной возмущенности полного электронного содержания (ПЭС) в регионе Сибири за период 2002-2015 гг. Для анализа использовались данные ПЭС фазовых двухчастотных измерений приемников GPS/ГЛОНАСС, расположенных в среднеширотном, субавроральном и высокоширотном регионах. Мы рассчитали индекс интенсивности вариаций ПЭС (vrTEC) с периодами до 4 часов. Выявлено, что уровень возмущенности ПЭС зависит от солнечной активности в зимнее время года: максимальные значения vrTEC снижаются до 40% в период спада солнечной активности. Показано, что значения индекса vrTEC испытывают регулярные существенные (до 5-6 раз) сезонные изменения с наибольшими значениями в зимние периоды. Предположено, что рост уровня короткопериодной возмущенности ПЭС в зимнее время связан с волновыми возмущениями, возникающими в неоднородных, высокоскоростных струйных течениях, ассоциированных с зимними циркумполярными вихрями. Мы предложили индекс для оценки уровня возмущенности в стратосфере и мезосфере. Показано, что данный индекс имеет схожие сезонные вариации. Коэффициент корреляции между индексами ионосферной и атмосферной возмущенности достигает 0,65 и имеет наибольшие значения на станциях, расположенных в полярном регионе.