В статье показаны особенности оценки экономической и социальной эффективности управления инновациями в сфере наукоемких производств. Выделены проблемы оценки социальной результативности предприятий наукоемких отраслей. Для оценки социально-экономической эффективности организаций предлагается использование адаптированной к инновациям формулы чистой приведенной стоимости.