Статья посвящена анализу проблем обеспечения качества высшего образования в эпоху инновационного развития России, в частности, проведен ретроспективный анализ Федеральных образовательных стандартов поколений 1 - 3+, рассмотрены основные принципы действующей системы аттестации педагогических работников, оценены основные показатели эффективности российских ВУЗов по данным ежегодного Мониторинга эффективности. В заключении статьи систематизированы основные перспективы и тенденции развития системы высшего образования в РФ, и предложены направления повышения качества высшего образования в российских ВУЗах.