В настоящей статье рассматривается задача построения системы проведения метаанализа данных выделенных из медицинских публикаций для получения ответа на клинический вопрос. Для проведения мета-анализа необходимо большое количество гомогенных данных, выделяемых из медицинских статей. Процесс выделения данных начинается с разметки экспертами небольшого числа статей с целью выделения структуры значимых медицинских данных. Затем опираясь на выделенную структуру составляется модель извлечения данных, содержащая в себе набор ключевых слов, правила отбора данных, синонимические словари. На основе эффективной модели извлечения данных из основного корпуса релевантных публикаций могут быть выделены данные в количестве необходимом для проведения мета-анализа.