Центральной проблемой биологии развития является вопрос о том, каким образом
многократное деление всего одной клетки приводит к формированию организма, обладающего
многоклеточными системами органов и тканей, не похожих друг на друга. Ответ на этот
вопрос, как правило, лежит в дифференциальной экспрессии генов в клетках, составляющих
эти ткани и органы. Именно дифференциальная активность генома - основа и структурных,
и функциональных различий между разными клетками одного и того же организма, т.е.
клеточной дифференцировки. Именно геном служит основным носителем информации о
том, как растению пройти путь от семени до семени. Однако ген функционирует в некой
среде, которая не может не оказывать влияние на характер его экспрессии. Поэтому
реализация информации, заключенной в геноме, будет зависеть не только от нуклеотидных
последовательностей конкретных генов, но также и от внешних условий, состояния
хроматина, модификаций ДНК и ее транскриптов, т.е. находиться под эпигенетическим
контролем. Своеобразными «переключателями» программ развития клеток могут также
служить открытые недавно малые РНК.