В статье рассмотрены существующие подходы к выбору аналитических показателей для проведения комплексного анализа использования ресурсов хозяйствующих субъектов в здравоохранении. Предложена схема формирования взаимосвязанных экономических показателей в рамках ведомственной статистики для оценки эффективности использования ресурсов здравоохранения. На основании этого проведена соответствующая оценка материальных и трудовых ресурсов медицинских организаций Томской области, сгруппированных по уровням (федеральные, областные, муниципальные) за период 2006–2013 гг. В результате исследования динамики показателей фондовооруженности, фондоотдачи, фондоемкости было установлено, что наиболее эффективно имеющиеся материальные ресурсы используются областными медицинскими организациями. Эффективность использования трудовых ресурсов выше в областных организациях и существенно ниже в федеральных. Особое внимание уделено влиянию модернизации системы здравоохранения области в указанный период на исследуемые показатели. Представлены рекомендации, направленные на совершенствование методов управления ресурсами здравоохранения региона. В дальнейшем, с учетом международного опыта применения исследований медицинских услуг при оценке политики здравоохранения, авторская методика может быть использована для разработки модели взаимодействия организаций различных форм собственности и уровней.