Представлены результаты исследования породного состава и генетического разнообразия медоносных пчел, обитающих на территории Томской области. Всего исследовано 337 пчелиных семей, полученных с 65 пасек области. На основании анализа изменчивости морфометрических признаков (показатели крыла, а именно кубитальный и гантельный индексы, дискоидальноесмещение) и вариабельности локуса COI-COII мтДНК установлено, что большинство исследованных пчелиных семей представляют собой гибриды, имеющие происхождение от среднерусской породы по материнской линии (зарегистрированы варианты PQQ и PQQQ локуса COI-COII мтДНК). Выявлены пасеки в Чаинском, Тегульдетском, Молчановском, Зырянском и Томском районах, где сохранились и разводятся медоносные пчелы среднерусской породы. Согласно данным о вариабельности 9 микросателлитных локусов, ядерный геном гибридных пчел, имеющих происхождение, как от среднерусской, так и карпатской пород, более близок по спектру и частоте аллелей изученных ДНК-маркеров геному среднерусской породы. Обсуждаются факторы, определяющие генетическое разнообразие медоносных пчел.