В статье рассматривается одна из основных проблем современной системы налогообложения предприятий – несогласованность реализации функций налоговой системы и финансов предприятий. На основе системы показателей дается характеристика взаимосвязей данных функций, включая налог на прибыль. Приводятся разные подходы к анализу и оценке эффективности мер по совершенствованию налогообложения предприятий с учетом их влияния на доходы бюджета, обеспечение расширенного воспроизводства и уровень его эффективности. Проведение комплексной оценки эффективности налогообложения прибыли предприятий предлагается на основе разрешения действующей или предполагаемой налоговой системой проблемы отсутствия стыковки в реализации ее функций с функциями финансов предприятий. В качестве методологической базы комплексной оценки предлагается использовать метод расстояний. Аналитически обосновывается выбор системы оценочных показателей и критериев комплексной оценки, алгоритмов ее расчета и направлений поиска резервов повышения эффективности действия механизма налогообложения прибыли.