В статье предлагается использовать метод межотраслевого баланса (МБ) для анализа, прогнозирования и оптимизации форм предпринимательства в агропромышленном комплексе (АПК) региона. В МБ АПК каждая форма предпринимательства характеризуется вектором затрат (столбец МБ в первом и третьем квадрантах) и своим вектором распределения продукта (строка МБ в первом и втором квадрантах), которые позволяют анализировать и прогнозировать воспроизводство с необходимой детализацией отраслей в соответствии с классификацией СНС). Результат выбора форм предпринимательства представляется в виде сочетания объемов выпуска каждого продукта по каждому способу производства (каждой форме предпринимательства) как оптимальный план. Приведена методика расчета показателей межотраслевого баланса АПК и выбора эффективных форм предпринимательства в АПК на уровне муниципального образования и субъекта федерации, построены МБ АПК и проведены расчеты оптимального плана на уровне низового района (Быстроистокского района Алтайского края) и субъекта федерации (Алтайского края), как предложения по интеграции форм предпринимательства в АПК.