В статье рассматриваются аспекты применения молекулярно-генетических методов в диагностике видового состава микромицетов почвы земельных участков, выведенных из сельскохозяйственного оборота и предполагаемых для создания на них лесного питомника. Проведен молекулярно-фитопатологический анализ участков в трех лесничествах. Показано, что уровень содержания условно патогенной микрофлоры по результатам количественной оценки выявленных видов микромицетов в почве трех исследованных участков был низким. Установлено, что основной причиной поражения посадочного материала сосны и ели в действующем лесном питомнике является фомоз сеянцев, вызванный аскомицетным патогенным грибом Phoma pomorum.