В результате проведенных исследований на территории Алтыагаджского Национального Парка было зарегистрировано 159 видов птиц. Согласно миграционному статусу можно выделить 4 группы видов: оседлые – 16, зимующие – 5, гнездящиеся – 58 и пролетные (встречающиеся в период весенне-осеннего пролета) – 80. Из зарегистрированных видов 10 включены в Международный Красный Список, 32 в Красную Книгу Азербайджана. Данная территория имеет всемирное значение по критерию для Ключевых Орнитологических территорий А1. Основные угрозы для экосистемы изучаемой территории – это рост рекреационной нагрузки, включая развитие туристической инфраструктуры возможные лесные пожары и фактор беспокойства, а также выпас скота и отдельные случаи браконьерства