Актуальность исследования состоит в отсутствии у России существенных успехов в инновационном развитии, притом, что таковое является условием стабильного социально-экономического развития страны. Несмотря на существенные институциональные преобразования, осуществленные в последние годы в секторе науки и инноваций (введено госзадание в сфере научно-исследовательской деятельности, крупнейшие госкомпании обязали разрабатывать и реализовывать программы инновационного развития и т.д.), они не привели к необходимому результату. Поэтому требуются новые подходы к анализу и проектированию институциональных реформ в секторе знаний. Цель исследования заключается в применении для изучения институциональной среды сектора знаний России теории X–Y-институциональных матриц, требующей соблюдения количественного соотношения в использовании альтернативных способов регулирования различных социальных отношений. Новизна исследования состоит в выявлении количественных соотношений в парах базовых X–Y-институтов экономики в российском секторе знаний и выдаче рекомендаций по реформированию институтов этого сектора на основе соответствия этих соотношений Х-балансу