Изучение методами молекулярной динамики структур белков Nip7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления

Медведев, Кирилл Евгеньевич; Афонников, Дмитрий Аркадьевич; Воробьев, Юрий Николаевич

Изучение методами молекулярной динамики структур белков Nip7 глубоководных и мелководных архей в условиях повышенного давления

Медведев, Кирилл Евгеньевич, Афонников, Дмитрий Аркадьевич, Воробьев, Юрий Николаевич

Дата публикации: 2011

Дата публикации в реестре: 2020-05-29T18:33:38Z

Аннотация:

Исследовано влияние высокого давления на структурные характеристики РНК-связывающего белка Nip7 глубоководных и мелководных архей рода Pyrococcus методами моделирования молекулярной динамики и компьютерного анализа. Исследована доступность остатков растворителю и значение среднеквадратичного отклонения С-α атомов (RMSD) при разных значениях давления. Полученные данные свидетельствуют о том, что РНК-связывающий домен белка Nip7 более устойчив к влияниям высокого давления у глубоководного вида. Кроме того, анализ компьютерных моделей белков Nip7 из P. abyssi и P. furiosus показал, что с увеличением давления площадь поверхности белка, доступной растворителю, уменьшается. Для моделей Nip7 P. abyssi эта площадь меньше и ее относительные изменения меньше, чем у Nip7 из P. furiosus.

Ключевые слова:
РНК-связывающие белки, Pyrococcus, род, археи, пьезофилы, компьютерное моделирование, молекулярная динамика белков, белки, растворители

Тип: статьи в журналах

Источник: Вестник Томского государственного университета. Биология. 2011. № 4. С. 136-145