Разработана методика всесторонней оценки наукоемкости отрасли экономики на основании системы индикаторов, содержащей два блока. В первый блок входят показатели, характеризующие технологичность отрасли, во второй блок – инновационность. Согласно предлагаемым индикаторам проведен сопоставительный анализ наукоемкости отрасли, при этом определены ключевые особенности и выявлены упущенные возможности для фармацевтической промышленности. Рассмотрены возможности кооперации фармацевтической и пищевой промышленности.