Проведен анализ изменчивости формы семенных чешуй шишек двух близкородственных видов – лиственницы даурской (л. Гмелина) L. dahurica Laws. (=Larix gmelinii (Rupr.) Rupr.) и л. Каяндера (L. cajanderi Mayr) с помощью методов геометрической морфометрии. Сравнение по морфотипам и относительной деформации чешуй выполнено на примере двух популяций L. dahurica из Эвенкии и Забайкалья и шести популяций L. cajanderi из Якутии и Магаданской области. Проанализированы выборки объемом 100–150 шишек, собранные с 20–30 деревьев в каждой популяции. В эвенкийской популяции L. dahurica выделено 11 морфотипов семенных чешуй, четыре из которых незначительно отличались от морфотипов, определенных ранее в якутских популяциях L. cajanderi. Данные фенотипического анализа подтверждают дифференциацию двух видов лиственницы по форме семенных чешуй шишек, включая различия и по морфотипам и по относительным деформациям чешуй. Значительно различаются между собой внутривидовые группы: популяции L. cajanderi из Магаданской области и Якутии, популяции L. dahurica из Эвенкии и Забайкалья. Результаты подтверждают возможность использования геометрической морфометрии в качестве эффективного инструмента для анализа внутри- и межвидовой дифференциации лиственницы по форме семенных чешуй шишек.