В настоящей работе изучено влияние структуры стеклянной подложки на микротопографию поверхности металлических пленоксплавов Al-2.1 ат.% Mn иAl-1.4 ат.% Ni, полученных осаждением при ассистировании собственными ионами. .Построение гистограмм распределения средних измеренных высот и впадин микрорельефа поверхности позволило провести количественный анализ морфологии поверхности покрытий в сравнении с исходной стеклянной подложкой.Полученные результаты обсуждаются с учетом ранее обнаруженных закономерностей формирования микростуктуры тонких пленок сплавов Al-Cr и Al-Fe[1].