Статья посвящена изучению особенностей управления инновационными рисками в наукоемких промышленных организациях (предприятия) Российской Федерации. Автором обозначена актуальность и значимость рассматриваемой темы. Изучены теоретические аспекты методологии управления инновационными рисками в наукоемких промышленных организациях (предприятия) как базы создания системы и реализации механизма риск-менеджмента. Разработана система создания и реализации механизма управления инновационными рисками в наукоемких промышленных организациях с целью более эффективной адаптации модели «Трех линий защиты».