В статье предложена математическая модель для сравнительной оценки инновационных проектов по совокупности качественных показателей. Модель предназначена для обоснования решений по формированию и реализации рациональной инновационной политики и осуществления эффективной инновационной деятельности. В предложенной модели использованы технологии непараметрической статистики, позволяющие учесть типовую для этапа формирования инновационной политики неопределенность и найти рациональные для этих условий решения.