В статье рассмотрена укрупненная модель стратегического управления трансформацией национальной экономической системы по видам экономической деятельности, включающая постановку стратегической цели, конкретизированной в задачах, выявление имеющихся внутренних и внешних возможностей и определение на основе их сопоставления конкурентных возможностей трансформации национальной экономической системы по видам экономической деятельности, отбор целевых направлений, стратегическое планирование и организационно-экономическое обеспечение реализации стратегических планов. Предложены базовые инвестиционно-инновационные стратегии трансформации национальной экономической системы, позволяющие комплексно подходить к вопросам обоснования направлений ее инновационной трансформации по видам экономической деятельности с учетом имеющегося инновационного и инвестиционного потенциала и возможностей по его наращиванию и использованию. На основе укрупненной модели стратегического управления трансформацией национальной экономической системы и базовых инвестиционно-инновационных стратегий ее обеспечения предложена методика разработки и реализации стратегии инвестиционно-инновационной деятельности, включающая основные этапы с соответствующими им видами работ, характеристику их содержания и обоснование ожидаемых результатов.