Карстовые подземные воды имеют важное значение для обеспечения населения питьевой водой. Запас подземных вод напрямую связан с состоянием экосистем карстовых массивов. В настоящем исследовании представлены данные о биоразнообразии альгофлоры водных потоков Воронцовской пещеры, которая является пещерой-родником, где берут начало реки Восточная Хоста и Кудепста (Краснодарский край). В результате выявлены 88 видов фототрофов в водном потоке в гроте Прометей, 71 вид - в гроте Очажный и 8 видов - в воклюзе реки Восточная Хоста. Состав и структура сообществ различалась в трех точках отбора проб. В месте, где река впадает в пещеру преобладали представители отдела Charophyta. В зоне, где вытекает река Кудепста, преобладали цианобактерии порядков Chroococcales, Nostocales, Oscillatoriales. На выходе вод пещерной системы Воронцовская доминировали цианобакерии и диатомовые водоросли.