В настоящее время микробиота кишечника рассматривается как фактор патогенеза различных заболеваний. Известно, что пациенты с аутоиммунными заболеваниями страдают дисбактериозом. В современной литературе представлены исследования, демонстрирующие изменение состава микробиоты кишечника при дисфункции щитовидной железы. В данном обзоре рассмотрены современные представления о микробиоте кишечника, её роли в развитии аутоиммунных заболеваний. Продемонстрирована взаимосвязь щитовидной железы и кишечной микробиоты, особенности её видового состава при гипо- и гипертиреозе, а также возможные методы коррекции, включающие применение пре- и пробиотиков и трансплантацию фекальной микробиоты. Заключение. Нарушение микробиоты кишечника можно считать одним из факторов патогенеза аутоиммунных заболеваний щитовидной железы. Качественные и количественные показатели микробиоты кишечника можно будет рассматривать как диагностический критерий заболеваний щитовидной железы.