В статье на примере Новосибирского государственного университета (НГУ) и Сибирского отделения Академии наук СССР / Российской академии наук (СО АН СССР / СО РАН) представлены перипетии развития отношений между компонентами единого научно-образовательного комплекса, разделенными ведомственными барьерами, в различные исторические периоды. Показано, каким образом внешний контекст, изменение экономической модели и приоритетов научно-образовательной и инновационной политики определяли статус и место университета в интегрированном научном центре. Отражена трансформация модели неформального академического университета в концепт самостоятельного актора национальной научно-образовательной и инновационной политики.