Молекулярные маркеры широко используются в популяционной генетике, сравнительной генетике и геномике, в филогенетических исследованиях. Среди высокого разнообразия маркеров рассмотрены те, что нашли применение в молекулярно-генетическом анализе видов рода Rubus. С этой целью применяют различные типы ДНК-маркеров – от ставших уже классическими AFLP, SSR, SCAR до новейших маркеров, основанных на методах секвенирования нового поколения (NGS – next generation sequencing).