Методологические основы формирования системы обеспечения социально-экономической безопасности предусматривают особенности промышленного сектора. Специфику его защиты предлагается отобразить при помощи методических и операционных основ. Методические основы сформулированы, исходя из поставленной исследовательским процессом функциональной специфичности обеспечения социально-экономической безопасности промышленного сектора. Они образуют периметр обеспечения социально-экономической безопасности, который формируется ожиданиями общества от системы обороны промышленного сектора страны. Операционные основы дополняют функциональную специфику системы обеспечения социально-экономической безопасности при помощи формирования определенной организационной базы. Среди них отмечены следующие: моделирование, допускающее многовариантность эскалации неблагоприятных явлений в промышленном секторе и методик ее оценки; инструментальная помощь, учитывающая надобность инструментального многообразия для реализации функций обороны в изменяющихся критериях (среды функционирования промышленного сектора, его структуры и состояния межэлементных связей); функциональная согласованность как потребность соотношения целей обеспечения социально-экономической безопасности промышленного сектора к задачам и ценностям становления промышленного сектора страны, которые зафиксированы в программных документах государства.