В статье рассматриваются проблемы моделирования распространения инфекционных заболеваний. Анализируются ограничения компартментальных эпидемиологических моделей. Представлена разработанная дважды стохастическая модель, основанная на SIR модели. Проводится сравнение результатов работы стохастической и SIR моделей. Выявлены ограничения применимости SIR модели как частного представителя класса компартментальных моделей.