Наличие корректно размеченных (аннотированных) корпусов текстов является критически важным условием создания эффективных средств автоматизированной обработки естественного языка, обеспечивающих оперативное решение как теоретических, так и прикладных лингво-информационных задач. Одной из основных и наиболее сложных проблем корпусной разметки является разрешение неоднозначности меток на конкретном уровне реализации аннотирования (морфологическом, синтаксическом, семантическом и т. д.). Настоящая статья посвящена проблеме неоднозначности, возникающей на концептуальном, наиболее релевантном для решения информационных задач уровне разметки текстов. Под концептуальной разметкой (аннотированием) понимается специальный тип семантической разметки, как правило, применяемый к корпусам предметных областей для решения конкретных информационных задач (автоматической классификации, контент- и тренд-анализов, машинного обучения, машинного перевода и др.). При концептуальной разметке корпусы текстов размечаются метками, отражающими контент конкретной предметной области, что ведет к отличному от общесемантического типу неоднозначности, который имеет как универсальные, так и зависящие от конкретного языка и предметной области характеристики. В статье проблема концептуальной неоднозначности исследуется методом кейс-стади на материале русскоязычных текстов предметной области «Терроризм». Методология исследования сочетает автоматизированные и вручную выполненные этапы работ, включающие а) статистико-качественный анализ корпусного материала; б) использование предварительно разработанных аннотационных ресурсов (онтологии предметной области «Терроризм», русского онтолексикона и компьютерной платформы концептуального аннотирования); в) основанную на онтологическом анализе концептуальную разметку отобранного для кейс-стади корпуса; г) основанное на корпусном подходе выявление и анализ причин возникновения концептуальной неоднозначности; д) исследование статистических параметров концептуальных меток и соотнесенных с ними лексем в аннотированном корпусе; е) разработка и экспериментальная проверка возможных методов разрешения отдельных типов концептуальной неоднозначности. В настоящем исследовании получены конкретные результаты для русскоязычных текстов, но разработанная методика концептуальной разметки и подходы к разрешению концептуальной неоднозначности применимы к текстам других предметных областей на различных языках.