В статье обобщен опыт российских регионов по организации участия сообществ коренных малочисленных народов России в местном самоуправлении: феномен национальных административно-территориальных единиц и опыт «этнического самоуправления» в Республике Саха (Якутия); особенности организации местного самоуправления в автономных округах и особых административно-территориальных единицах во вновь образованных субъектах РФ. Обосновано предложение об асимметричной организации местного самоуправления вследствие асимметричной природы российского федерализма и сложного этнического состава региональных и местных сообществ, разграничены формы самоорганизации и формы самоуправления (автономии) автохтонных народов, а также формы их участия в осуществлении местного самоуправления. Выделены уровни территориальной локализации самоуправления автохтонов, обоснован вывод об участии их сообществ в местном самоуправлении как оптимальном решении для обеспечения баланса тенденций интеграции и обособления этих народов в современных территориальных сообществах. Доказана необходимость федерального законодательного регулирования особенностей организации местного самоуправления в муниципальных образованиях, входящих в перечень мест традиционного проживания и традиционной хозяйственной деятельности коренных малочисленных народов РФ с учетом юридически обоснованного критерия компактности проживания, определено основное содержание этих особенностей.