Механизм обеспечения экономической безопасности региона направлен на своевременное выявление и предупреждение угроз разного характера, среди которых выделяем налоговую задолженность. Образование такой задолженности происходит в результате внутренних и внешних причин, влияющих на платежеспособность субъектов бизнеса. В статье проведен анализ структурных элементов и причин образования налоговой задолженности в регионе, даны рекомендации для своевременного регулирования и предотвращения ее роста.