В настоящее время проблема недостаточно развитой логистической системы агропродовольственного экспорта ЕАЭС становится все более актуальной. Функционирующий в условиях современных экономических вызовов транспортно-логистический комплекс ЕАЭС не способен в достаточной степени обеспечить повышение эффективности логистического сотрудничества и требует значительной модернизации. Цель исследования - выявление приоритетных направлений развития для совершенствования логистической системы ЕАЭС в сфере агропромышленного экспорта в условиях преодоления последствий пандемии COVID-19, а также санкционного давления в отношении России. В статье представлен краткий обзор агропродовольственной системы ЕАЭС, проблем и сложностей в сфере продовольственного обеспечения, вызванных влиянием пандемии COVID-19, введением экономических и политических санкций в отношении таможенно-логистического комплекса стран-членов ЕАЭС. Исследована динамика развития организации перевозок в условиях пандемии COVID-19 в 2020-2021 годах в странах ЕАЭС. Исследованы негативные тенденции, обусловленные современными экономическими вызовами, которые в условиях санкций влияют на организацию работы таможенно-логистической системы ЕАЭС. Обозначены приоритеты развития современной агропродовольственной таможенно-логистической системы Евразийского экономического союза в контексте принятых стратегических документов по развитию интеграционных процессов в ЕАЭС.