Содержание хлорофилла является индикатором состояния экосистемы, позволяющим детектировать происходящие в ней процессы на ранних стадиях. Для задач мониторинга и управления ресурсами информация о пространственно-временном распределении хлорофилла должна быть получена высокопроизводительным неразрушающим методом. Эффективным способом определения хлорофилла in vivo может стать гиперспектральная диагностика, однако на сегодняшний день нет стандартной методики получения карт хлорофилла с помощью спектральных изображений, обеспечивающей сравнимые с классическими методами точности. В данной работе предложен метод, состоящий из съемки образцов акустооптическим гиперспектрометром, определения эталонных значений концентрации хлорофилла с помощью спектрофотометрии и алгоритма обработки спектральных данных с получением результирующего пространственного распределения. Кроме того, описана методика определения наиболее информативных для расчета концентрации хлорофилла длин волн, использование которой повышает производительность и точность измерений, а информация о выбранных длинах волн может быть полезна при конструировании мультиспектральных изображающих систем. В ходе апробации метода на образцах гибискуса (Hibiscus rosa-sinensis) были получены пространственные распределения содержания хлорофилла, среднее значение по которым определено с нормализованным стандартным отклонением 9,96%.