В работе показаны, во-первых, три основные причины, заставляющие приступить к пересмотру сложившихся представлений о физической реальности: непригодность классического пространства-времени в физике микромира, неудачи в попытках совмещения принципов квантовой теории и общей теории относительности и, главное, наличие третьей физической парадигмы – реляционной. Во-вторых, представлены три составляющие реляционной парадигмы, заставляющие обратить внимание на необходимость использования ключевых метафизических принципов. В-третьих, сформулированы три ключевых метафизических принципа. В-четвертых, показано, что в настоящее время уже предложен математический аппарат, отображающий единство трех метафизических принципов. Его основы были заложены в теории физических структур Ю.И. Кулакова и его группы. Наконец, в-пятых, показаны основные результаты применения теории бинарных систем комплексных отношений для решения проблем физики микромира.