Статья посвящена особенностям применения инновационных технологий при подготовке магистерских диссертаций на кафедре судебно-экспертной деятельности Российского университета дружбы народов. Продемонстрированы преимущества магистерской программы «Судебно-экспертная деятельность в правоприменении», осуществляемой при непосредственном участии работников ведущего судебно-экспертного учреждения Минюста России - ФБУ Российский федеральный центр судебной экспертизы при Министерстве юстиции Российской Федерации. Представлены предложения по совершенствованию применения инновационных технологий при подготовке магистерских диссертаций, посвященных актуальным проблемам судебно-экспертной деятельности.