Цель статьи состоит в исследовании возможностей использования технологии нейронных сетей и иных методов экономико-математического моделирования в целях прогнозирования перспектив инновационного развития системы здравоохранения Российской Федерации в контексте ее финансового обеспечения. В основе методологии данного исследования лежит системный подход, который позволил осуществить «методологический синтез» инструментария нейронных сетей и аналитических моделей прогнозирования финансово-экономической ситуации, в результате чего все выводы, приведенные в статье, обоснованы результатами проведенного анализа, полученными на высоком уровне достоверности. В результате проведенного исследования обоснованы принципиальные положения относительно того, что в современных сложных политико-экономических условиях развития российской медицины следует отказаться от модели ее финансирования на принципах «государственного альтруизма», перейдя к прагматическому подходу, в котором государственное финансирование сочетается с активным привлечением частного капитала для решения проблем отечественной системы здравоохранения. Данный подход целиком обоснован и с точки зрения необходимости инновационного развития российской системы здравоохранения. Результаты данного исследования возможно использовать в процессе стратегического планирования развития национальной системы охраны здоровья с целью определения стратегических путей развития отечественной системы охраны здоровья с опорой на необходимость ее инновационного развития. Сделан вывод относительно того, что современная система финансирования отечественной медицины далека от совершенства, фактически исчерпала себя, а в современных условиях не дает возможности инновационного развития отрасли, в связи с чем актуальным является привлечение в отрасль частных инвестиций.