Выделение изолятов требует разработки такой последовательности действий, при которой достигается максимальная доля жизнеспособных эксплантов без признаков микробной контаминации, так как решение задачи по разделению мицелия целевого вида от присутствия нежелательных примесей крайне трудоемко.
Были апробированы три схемы поверхностного обеззараживания исходного материала. По результатам эксперимента, наиболее подходящей схемой обработки, позволяющей элиминировать контаминирующую микрофлору, как с фрагментов корней сеянцев, так и с высечек из плодовых тел высших грибов, является обработка этанолом и раствором сулемы с двукратным промыванием стерильной дистиллированной водой.