Принятие эффективных управленческих решений является одним из ключевых факторов успеха реализации любого проекта. Инновационный характер проекта может представлять дополнительные трудности в управлении. В данной статье автор рассматривает теоретические основы методик оценки инновационных проектов. Особое внимание уделяется разработке системы критериев для проведения оценки эффективности процессов, протекающих в рамках реализации инновационного проекта. Также автором были предложены рекомендации для принятия оптимальных управленческих решений, основанных на результатах проведенной оценки эффективности. Итогом исследования является свод инструментов для оптимизации процесса управления инновационным проектом.