Цель написания настоящей статьи заключается в попытке более объективно взглянуть на проблему имитационного моделирования результатов инвестиционных вложений в модернизацию предприятий, работающих в инновационных отраслях экономики. Важность внедрения инноваций для получения высокого экономического эффекта подчёркивается многими и в том числе на уровне правительства. В качестве примера можно привести американскую политику для предприятий в области совместных исследований [4]. При построении экономико-математической модели были использованы метод декомпозиции для идентификации основных компонентов модели и метод математического программирования для установления зависимости между компонентами модели, т.е. для её решения. Предложенная экономико-математическая модель распределения инвестиций при модернизации наукоёмких предприятий позволяет оптимальным образом распределять инвестиции между тремя основными затратными статьями: трудовыми ресурсами, используемыми при производстве материалами и оборудованием. Оптимальное распределение инвестиций, позволит сэкономить финансовые ресурсы предприятия, поднять квалификацию тех работников, которые действительно нуждаются в повышении квалификации с точки зрения производства продукции, а так же модернизировать те производственные мощности, которые дадут наибольший вклад в повышение конкурентоспособности и финансовой устойчивости предприятия. Предложенная модель может быть детализирована и масштабируема в зависимости от цели модернизации и масштаба предприятия. Практическая ценность от внедрения данной модели при распределении инвестиций заключается в фокусировании внимания инвесторов (как внешних, так и внутренних) на главный продукт предприятия и модернизацию того, что вносит наибольший вклад в увеличение ценности главного продукта. Предложенная экономико-математическая модель оптимального распределения инвестиций при модернизации наукоёмких предприятий может быть полезна в первую очередь директорам и менеджерам высшего звена предприятий, принимающим решение о необходимости модернизации предприятия и выделении для этого соответствующих ресурсов