Таксономия и систематика дрожжей до настоящего времени находится в процессе становления, несмотря на то, что первая классификация этих организмов была предложена еще в 1904 году. В современных научных исследованиях наибольшую достоверность в идентификации видов приобрели молекулярно-биологические методы, к которым можно отнести MALDI-TOF масс-спектрометрию и секвенирование участков ДНК.