Представляется математическая модель сложной пространственной системы, состоящей из неоднородного упругопластического грунтового основания, гибкой плиты и микросвай. Предлагаются алгоритм и программное обеспечение исследования математической модели методами компьютерного моделирования на основе метода конечных элементов. Используется метод декомпозиции системы. При этом для слоев грунтового основания и гибких плит фундамента принимаются гипотезы малых упругопластических деформаций, а для плит – гипотезы Кирхгофа.Расхождение результатов исследования математической модели и имеющихся экспериментальных данных для рассматриваемой системы не превысило 7%.